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東京都自主管理認証制度の対象となる施設は、次の表にあげる許可を取得している施設または届出を行っている施設です。
認証の対象施設
| 分 類 |
業 種※ |
| 調理業 |
食品衛生法第５２条に基づく許可業種 |
飲食店営業 |
| 喫茶店営業 |
| 食品製造業等取締条例第５条の6に基づく届出施設 |
給食施設（届出） |
| 製造業 |
食品衛生法第５２条に基づく許可業種 |
菓子製造業 |
| 豆腐製造業 |
| そうざい製造業 |
| あん類製造業 |
| ｱｲｽｸﾘｰﾑ類製造業 |
| 乳製品製造業 |
| 食肉製品製造業 |
| 魚肉練り製品製造業 |
| 清涼飲料水製造業 |
| 乳酸菌飲料製造業 |
| 氷雪製造業 |
| 食用油脂製造業 |
| マーガリン又はショートニング製造業 |
| みそ製造業 |
| しょうゆ製造業 |
| ソース類製造業 |
| 酒類製造業 |
| 納豆製造業 |
| 麺類製造業 |
| 缶詰又は瓶詰食品製造業 |
| 添加物製造業 |
| 食品製造業等取締条例第５条の3に基づく許可業種 |
そう菜半製品等製造業 |
| 魚介類加工業 |
| つけ物製造業 |
| 製菓材料等製造業 |
| 粉末食品製造業 |
| 調味料等製造業 |
| 液卵製造業 |
| 処理業 |
食品衛生法第５２条に基づく許可業種 |
食肉処理業 |
| 乳処理業 |
| 食品の冷凍又は冷蔵業 |
| 販売業 |
食品衛生法第５２条に基づく許可業種 |
乳類販売業 |
| 食肉販売業 |
| 魚介類販売業 |
| 氷雪販売業 |
| 魚介類競り売り営業 |
| 食品製造業等取締条例第５条の3に基づく許可業種 |
食料品等販売業 |
※ 食品衛生法等の一部を改正する法律（平成30年法律第46号。以下「改正法」という。）による改正前の食品衛生法（昭和22年法律第233号）及び食品製造業等取締条例を廃止する条例（令和２年東京都条例第71号）による廃止前の食品製造業等取締条例（昭和28年東京都条例第111号）に基づく業種。令和３年６月１日以降は、改正法による改正後の食品衛生法に基づく業種のうち該当するものを個別に判断する。
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